Plusieurs enquêteurs ont évoqué le fait que les nombreuses simulations militaires et les exercices de préparation à un désastre qui ont eu lieu le matin du 11 septembre 2001 ont pu servir de couverture aux véritables attaques.
Parmi ces enquêteurs, on trouve la député Cynthia McKinney, le journaliste Webster G. Tarpley, l'économiste Michel Chossudovsky et Michael Ruppert, fondateur de From the Wilderness. Le matin du 11/9, les simulations militaires et les exercices suivants ont eu lieu sous le contrôle de l' US Air Force, NORAD, CIA, NRO, FAA et la FEMA :
L'opération Northern Vigilance, un exercice annuel de l' Air Force simulant une attaque russe, dans lequel les chasseurs de la défense aérienne qui patrouillent normalement au Nord-Est sont redéployés sur le Canada et l'Alaska.
Les opérations Vigilant Warrior et Vigilant Guardian, un exercice combiné (un attaquant et un défenseur) simulant des détournements d'avions et l'injection de faux signaux d'avions sur les radars.
L'opération Northern Guardian qui aurait affaibli la capacité de réponse de la base aérienne de Langley.
Un exercice du National Reconnaissance Office, prévu à 9 h, simulant le crash d'un petit avion d'affaires suite à un problème mécanique, sur l'un des quatre bâtiments de son quartier général. Cependant, selon une porte parole de l'agence, « l'exercice a été annulé dès que la vraie attaque a commencé »
Avec au moins cinq scénarios de détournement d'avions se déroulant pendant ces exercices militaires, les radars de la NORAD et de la FAA auraient sans doute affiché un grand nombre d'avions détournés, ce qui aurait eu pour effet d'affaiblir et de retarder la réponse à une attaque réelle.
Les partisans de la thèse officielle réfutent l'accusation, en proposant l'hypothèse que les terroristes auraient pu être au courant de certains de ces exercices, ce qui aurait motivé le choix de leur date. Si cela est vrai alors les terroristes auraient bénéficié d'informations provenant d'agents infiltrés - des taupes - au sein de l'administration de l'armée des États-Unis.